《尼爾：機械紀元》的推出算是讓玩家們再次感受到了橫尾太郎的“惡意”，包括那個刪除存檔的E結局。在此前的采訪中橫尾太郎曾經表示《尼爾：機械紀元》還有“秘密”沒有被發現。這個彩蛋如今終于被發現了，通過這個“最后的秘密”彩蛋玩家可以從游戲初期的首個Boss處直接跳到E結局。根據電玩迷(dianwanmi.com)編輯了解這個秘密是由MOD制作者“manfightdragon”發現的，同時橫尾太郎也表示經過了三年終于有人發現了這個秘密。

　　對于這個彩蛋如何觸發，《尼爾：機械紀元》最高難度斗技場紀錄保持者TLRU進行了解答，玩家們可以在第一個Boss戰結束后的同一場景中遭到兩個油桶堆，在油桶堆中間按住DualShock4手柄的R2之后依次輸入“↑↓↑→←□○△×”之后即可立刻進入E結局。不知道是不是由于本作也是由白金工作室制作的原因，這個隱藏彩蛋與《神奇101》中解鎖隱藏角色“貝優妮塔”的按鍵完全相同。