在GameFreak宣布推出《寶可夢 朱紫》的DLC“零之秘寶”之后，官方也開啟了本作與《寶可夢GO》的聯動。不過根據電玩迷(dianwanmi.com)編輯了解在Reddit上，很多玩家表示自己遇到了《寶可夢 朱紫》與《寶可夢GO》同步數據后丟失存檔的惡性bug，任天堂官方在接受bug反饋之后表示正在調查。

　　在《寶可夢 朱紫》與《寶可夢GO》的聯動中，玩家可以通過游戲之間發送明信片的形式，在《寶可夢GO》中使用“重要的寶箱”，在其周圍收服索財靈的徒步形態，而《寶可夢 朱紫》中玩家也可以遇到不同花紋的彩粉蝶。所以對于國外玩家來說，這是獲得《寶可夢 朱紫》中無法直接收服的寶可夢的重要途徑。不過很多玩家在同步數據之后就出現了《寶可夢 朱紫》存檔文件損壞，無法識別的情況。甚至有玩家因為購買了游戲季票下載對應數據后，存檔被刪除。任天堂官方回應稱他們正在調查這個bug，并且建議玩家們目前不要將《寶可夢 朱紫》與《寶可夢GO》數據進行同步。有玩家表示很可能是不同花紋的彩粉蝶所導致的問題，建議不要在改變花紋的彩粉蝶附近存檔。

　　《寶可夢GO》的同步bug，對于國內玩家來說也算是躲過一劫，但是在《寶可夢Home》還沒有與《寶可夢 朱紫》打通的現在，還是不能掉以輕心，畢竟不能排除聯動寶可夢的問題，誰也不想自己好不容易收服的閃光寶可夢直接隨著存檔消失。